Kromatografia e joneve (ose kromatografia e jono-shkëmbimit) është një proces kromatografik që ndan jonet dhe molekulat polare bazuar në afinitetin e tyre me jono-shkëmbim. Ajo punon pothuajse për çdo lloj molekule të ngarkuar, duke përfshirë proteinat e mëdha, nukleotidet e vogla dhe aminoacidet. Dy llojet e kromatografisë jonike janë, aniono-shkëmbyese dhe kationo-shkëmbyese. Shpesh përdoret për pastrimin e proteinave, analizimin e ujit dhe kontrollin e cilësisë.
